За двадцать лет до начала истории на Земле надвигается Танатос, гигантский астероид, который разрушает Плутон. Хотя ударом о Плутон он частично отклоняется и временно останавливается, сама угроза остаётся. Чтобы защитить планету, Международное агентство по изучению Солнечной системы (МАИСС) запускает секретный проект под рабочим названием «Д». В ходе исследований они обнаруживают яйцо дракона в глубинах океана и превращают его в мощного боевого пилота — Драгонавта. Основная задача созданного оружия — разрушить Танатоса и прекратить его приближение. Однако со временем пилоты и учёные понимают, что опасность не ограничивается одним астероидом: на Землю начинают выходить загадочные существа, заполняющие города и вселяющие тревогу в сердца людей. В такие тяжёлые дни юный Дзин Камисина становится свидетелем убийства, совершённого одним из этих существ. В момент, когда он сам оказывается на краю гибели, его спасает таинственная девушка по имени Тоа.
