Аниме «Хана и Алиса: Дело об убийстве» рассказывает историю четырнадцатилетней Тэцуко Арисугавы, которую почти все зовут Алиса. После развода родителей ей приходится вместе с матерью уехать из столицы в провинциальный городок и перейти в новую среднюю школу. Соседи выглядят загадочными, а переезд сопровождается внимательными взглядами из окон. В новом классе Алиса замечает холодное отношение одноклассников: её начинают игнорировать с первых дней. Вскоре она узнаёт, что заняла за парту ученика по имени Иуда, вокруг которого ходят слухи о том, что он был убит год назад. Рядом, напротив, живёт таинственная соседка — Хана Араи, чьё зрение пристально следит за Алисой. Но всё не так просто: как эти загадочные события убийства переплетаются с Ханой, которая и не посещает школу, и наблюдает за ней из окна? В описании прослеживается предыстория оригинального полнометражного фильма 2004 года «Хана и Алиса», намекая на общую запутанность и переплетение судеб здесь и там.
