Человечество, оказавшееся на грани полного уничтожения из-за вторжения таинственных пришельцев-зентреди, отправляет в космос целые флоты колонизационных кораблей, чтобы обезопасить своё будущее. Среди таких экспедиций выделяется флотилия под названием Макросс Фронтир, где судьба обычного старшеклассника Саотомэ Альто круто меняется. Всё начинается во время грандиозного выступления на концерте самой популярной певицы Шерил Ноум: городок подвергается массированному нападению неизвестных существ, и хаос затягивает в ситуацию. Чтобы защитить молодую девушку Ранку Ли, с которой он познакомился лишь за считанные часы ранее, Альто вынужден занять место погибшего пилота в кабине новейшего боевого юнита. Его смелость не остаётся незамеченной — частная военная корпорация S.M.S. Skull Squadron набирает его в свои ряды. Так Альто становится частью защитников Макросс Фронтира, продолжая балансировать между школьной жизнью и ролью пилота, стоящего на передовой ради друзей и общего будущего флота.
