Спустя семь месяцев после завершения Одногодичной войны остатки Герцогства Зион преобразовались в Республику Зион и продолжили борьбу на новом фронте. Дэрил Лоренц, прославившийся как пилот мобильного боя «Психо-Заку», возглавлял одну из ключевых операций в секторе «Удар молнии», где силы Братства Мур понесли жестокое поражение. Однако после утраты «Психо-Заку» он вынужден отправиться на Землю, чтобы раздобыть сведения об Альянсе Южных морей — военной группе внутри составной структуры Земной Федерации. В это время Ио Флеминг, который ранее противостоял Дэрилу, получает назначение пилотом прототипа мобильного «Атлас Гандам» и тоже вылетает на Землю. Так начинается новая глава противостояния, в которой прошлые конфликты переплетаются с интригами Альянса Южных морей, а герои сталкиваются с неизвестными угрозами и интригами, грозящими изменить ход войны.
