Действие аниме разворачивается спустя два месяца после происшествия на подводной лодке Tuatha De Danann, случившегося в финале первого сезона. «Мифрил» узнаёт о тайной организации, владеющей технологией, позволяющей взламывать ECS — систему электронных запоров. Эта группировка известна как Амальгама и помимо прочего обладает таинственной «тёмной технологией», полученной от «виспера», такого же рода, как и у Канаме Тидори, и, как и другие секретные службы, стремится к дальнейшему расширению своих возможностей. Когда миссия Сосукэ Сагары по охране Канаме отзывается «Мифрилом», условия для замысла Амальгамы расставлены по местам и начинают идти согласно задуманному плану. По мере разворачивания событий становится ясно: перед героями стоит опасная шахматная партия, где каждый шаг может иметь высокую цену — как за тайны Амальгамы, так и за судьбы людей, оказавшихся в эпицентре конфликта. И вот встает вопрос о том, кто возьмёт верх, и какие решения изменят будущее всего мира.
