Действие разворачивается в январе 2118 года. Аканэ Цунэмори, исполняющая обязанности главного инспектора Бюро общественной безопасности, получает сообщение о загадочном инциденте на иностранном судне. Её сопровождают Ацуси Синдо, руководитель отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, и они спешат к месту происшествия, однако по неизвестной причине расследование передаётся Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом при Министерстве иностранных дел. На корабле обнаруживается погибшей Доктор Милиция Стронская, которую Ацуси пригласил на встречу. За инцидентом стоит таинственная организация «Нарушители мира», которую Исполнительный отдел преследовал длительное время. Расследование, ведущееся Первым отделом уголовного розыска, выясняет, что нападение спланировано именно этой группировкой, стремящейся заполучить исследования доктора Стронской, известные как «Документ Стронской». Они формируют совместную группу с Департаментом поведенческих расследований. В её составе — Шинью Когами, бывший разыскиваемый Бюро общественной безопасности. Сопровождать их будет Дзёдзи Сайги, последний человек, контактировавшийся с доктором Стронской, и вместе они отправляются в Дэдзиму ради добычи документа. Аканэ и Когами сталкиваются с новым, гораздо масштабнее делом, тесно увязанным с «Документом Стронской». Скрытая истина, способная потрясти японское правительство и систему «Сибилла», впервые выходит на поверхность. Это нерассказанная история — связующее звено между аниме-приквелами «Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства» и «Психо-Пасс 3».
