События разворачиваются в январе 2118 года: Аканэ Цунэмори, исполняющая обязанности главного инспектора Бюро общественной безопасности, получает сообщение об инциденте на иностранном судне. Её сопровождают Ацуси Синдо, руководитель отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, и оба устремляются к месту происшествия, однако по неизвестной причине расследование передаётся Исполнительному отделу бюро координации действий за рубежом Министерства иностранных дел. На борту судна обнаруживается мёртвая доктор Милиция Стронская, приглашённая в качестве гостя Ацуси. За инцидентом стоит загадочная организация «Нарушители мира», которую Исполнительный отдел ранее не раз преследовал. Первое отделение уголовного розыска выясняет, что происшествие связано с попыткой исследовать так называемый «Документ Стронской», и формирует совместную группу с Департаментом поведенческих расследований. В команду входит Шинью Когами, ранее скрывавшийся от Бюро общественной безопасности. При содействии Дзёдзи Сайги, последнего, кто общался со Стронской, они отправляются в Дэдзиму за архивным документом. Аканэ и Когами сталкиваются с внезапно масштабным делом, связывающимся с этим документом. Скрытая истина, способная поколебать японское правительство и систему «Сибилла», вскоре выйдет на свет. Это не самостоятельная история — она служит мостом между двумя частями вселенной: между «Психопаспорт: Провидение» и продолжением «Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства» и «Психо‑Пасс 3».