После Второго удара мир превратился в руины, оставив за собой лишь город Токио-3, который непреклонно защищается от загадочных гигантов — Ангелов, стремящихся уничтожить человечество. Синдзи Икари, три года не повидавший отца, получает от него настойчивое телефонное сообщение с требованием немедленно отправиться в штаб-квартиру Nerv — организации, противостоящей Ангелам. Чтобы сдерживать угрозу, Nerv применяет гигантских био-механических боевых роботов, известных как Евангелионы. На передовой встает задача Синдзи — стать пилотом Евы-01 и начать работать в паре с Рей Аянами, пилотом Евы-00. Так начинается его путь в мир, где границы между человеком и машиной размываются, а каждый бой становится испытанием на мужество и доверие. В этом мрачном и захватывающем мире выживание зависит от взаимной поддержки и точности действий пилотов и их гигантских союзников.
