В далёком будущем Земля и большая часть человечества оказались под гнётом воинственной империи Иллюмидус. Харлок — командир космического крейсера «Призрачная Смерть» и один из немногих оставшихся борцов против тираннии чужой власти — непрерывно ведёт сопротивление, перевозуя беженцев через мрачные просторы космоса. Однако при очередной атаке оккупантов его судно терпит поражение и вынужденно совершает посадку на одной из баз противника, захваченных Иллюмидусом. На этой станции Харлок встречает Учёного Тотиро Ояму, который поражает его не только мастерством техники, но и удивляет внушительным линкором, сконструированным по забытым технологиям предков и названным им «Аркадия» в честь родины благородного клана пиратов-рыцарей Харлоков. Став последним потомком этого клана, капитан Харлок берет на себя миссию освободить Землю и вернуть людям свободу, противостоя империи Иллюмидус и вернуть надежду всему человечеству.
