2015 год. Мир всё ещё держится под влиянием магии, но люди опираются и на достижения науки. В целях сохранения вида была создана тайная станция под названием Халдея, чья задача состояла в наблюдении за ходом событий, сочетая колдовство и прогресс цивилизации. По выводам учёных, человечеству предстоит прожить ещё как минимум столетие. Однако Халдея зафиксировала странную аномалию: область будущего, которую она отслеживает, внезапно исчезла из её поля зрения. Эти новости породили панику, и исследователи принялись разбирать полученные данные. Оказалось, что в Фуюки в 2004 году существовала зона, которая ранее не попадала в наблюдение Халдеи, и к 2017 году судьба человечества оказалась под угрозой исчезновения. Чтобы ликвидировать источник проблемы, Халдея принимает решение запустить программу «Рейшифт»: группа специально подготовленных людей — Мастеров — направляется в прошлое. Но во время подготовки происходит взрыв, и все мастера оказываются тяжело ранены. Одному из них, Рицукe Фудзимару, всё же удаётся перенестись в прошлое, в разгар легендарной войны за Святой Грааль. Теперь ему предстоит разобраться, что на самом деле случилось, и, по возможности, устранить угрозу.
