В темной ночи огромного Нью-Йорка Рю Хаябуса неожиданно оказывается в эпицентре заговора и преследования со стороны наёмников. Расправившись с ними, он узнаёт, что их заказчиком является загадочная корпорация Friedman Company, возглавляемая доктором Недом Фридманом, который недавно потряс общественность заявлением о создании лекарства от рака. Чтобы понять мотивы преследования, Рю отправляется в дом самого доктора и там встречает свою подругу-журналистку Сару, которая тоже расследует таинственную деятельность учёного. Вместе они распутывают сложный клубок фактов: как Фридман добился своего прорыва и как этот путь тесно переплетён с прошлым Хаябусы. В этот же миг возлюбленная Рю Айрин Лью оказывается похищенной неизвестными силами, и герой вынужден вновь принять облик Ниндзя-Дракона, чтобы спасти её и распутать новую, надвигающуюся угрозу, способную погрузить мир в хаос.
