В 2025 году на сцену выходят загадочные устройства, получившие название Кико, которые без сожаления атакуют людей и приводят к разрушению целых городов. Человеческая цивилизация начинает рушиться, однако в Японии удаётся найти обломки одного из Кико, ставших ключом к разгадке их мощи. Чтобы понять устройство их вооружения и принципы их работы, учреждается научно-исследовательский центр «Токийский институт Кико» (Токиген). Руководствуясь старой пословицей о том, что клин клином вышибают, человечество возлагает последние надежды на то, чтобы обратить оружие Кико против самих агрессоров и начать обратный отсчёт к выживаемости. Проходит девять лет, и на основе достигнутых разработок появляется новое оружие под названием «Муцу», уже близкое к полноценному боевому применению. Управлять им доверяют молодому человеку по имени Рин Саґами и юной девушке Юдзуру Мидо. На плечи этих двоих ложится груз судьбы всего человечества, и они принимают миссию смело и с решимостью, несмотря на давящее бремя. Но дальнейшая дорога окажется суровой: на их пути станут испытания, которым будет трудно найти оправдания, а цена победы может оказаться непомерной и жестокой.
