События разворачиваются в ближайшем к нашему времени мире: в глубинах Мирового океана появляется террористическая организация USR (Undersea Silence Revolution). Её возглавляет амбициозный Адмирал Ред, который готов пойти на любые меры ради достижения своих целей. Мирные воды превращаются в арену жестокой битвы, и для противостояния новой угрозе создаётся Объединённый Флот, известный как Peace Keep Navy (PKN). Во время торжественной церемонии представления кораблей флотилии, за исключением подводной лодки 707, Адмирал Ред наносит дерзкий превентивный удар: он рассчитывает поймать противника врасплох, пока тот не успел занять удобную позицию. Но вмешательство подлодки 707 портит планы врага: флагман флотилий гибнет, а Ред вынужден отступить. Спустя год 707 возвращают в строй, и спасшаяся команда прошлой подводной лодки под командованием капитана Хаями выходит в море, чтобы присоединиться к объединённому флоту, возглавляемому новейшей американской субмариной Great Guardian. Однако бой начинается без них: флот Реда терпит поражение, а Great Guardian погибает до начала схватки. Только 707 достигает нужной точки к финалу сражения, и итог войны во многом зависит именно от неё — ведь Адмирал Ред считает Хаями своим единственным достойным соперником.
