Прошло тридцать два года с момента самого первого сокрушительного поражения захватчиков. A.E.G.I.S. стала едва заметной силой — почти уничтоженной и сведённой к подпольному лагерю, в котором осталось лишь несколько Хранителей Врат, готовых к любому риску ради спасения людской расы. Среди них — Айане Исудзу, участница, чья усталость от мира и общества в целом велика, однако она продолжает наводить порядок над Захватчиками — во имя памяти отца и своей собственной цели. Внезапно у неё появляется известие о возрождении Машинного Генерала, известного как Сегун Кикаи, и о Графе Дьявола, Акуме Хакушаку; к их делу теперь присоединяется загадочная духоподобная девушка. Айане и выжившие члены A.E.G.I.S должны вновь остановить их планы и вернуть надежду человечеству, даже если путь окажется ещё опаснее прежнего.
