Это аниме строится на двух временных плоскостях, тесно связанных общим сюжетом и персонажами. Первая линия рассказывает об инциденте в городе Нибельхайм, где сталкиваются Зака, Клауд Страйф, Тифа Локхарт и Сефирот, и их выборы в этот момент становятся отправной точкой для множества последующих событий. Вторая нить разворачивается после первых событий и повествует о побеге Зака и Клауда из лаборатории мегакорпорации Shinra Inc., их попытке вырваться из-под жестокого контроля и начать новую жизнь. Повествование перемещает зрителя между прошлым и будущим, подталкивая к размышлениям о долге, дружбе и предательстве. Тактика смены точек зрения позволяет увидеть мотивацию героев с разных сторон и глубже понять их отношения. В центре истории — вопросы происхождения сил, экспериментальных практик Shinra и той цены, которую приходится платить за свободу и ответственность перед товарищами и близкими.