Это ещё одно произведение во вселенной Призрак в доспехах, рассказывающее о появлении Девятого отдела полиции Японии. Это подразделение занимается расследованиями, выходящими за пределы возможностей обычной полиции. Майор Мотоко Кусанаги, чьи детские годы прошли под многочисленными кибернетическими операциями и которые превратили её в полноценного киборга, оказывается под руководством Дайсуке Арамаки для расследования загадочного взрыва. Вместе с ней к делу привлекается ещё один подозрительный участник — ветеран и бывший рейнджер, чья роль в кровавых конфликтах на другой стороне экватора вызывает тревогу — Бато, а также детектив Тогуса. Именно это стало отправной точкой формирования Девятого отдела. В дальнейшем эта тройка — Кусанаги, Арамаки и Тогуса — должна противостоять угрозам террористов и разгадать запутанные дела, выходящие за рамки обычной следственной практики.
