Действие разворачивается в далёком будущем, где технологии стали частью повседневной жизни и нашли применение даже в карточных дуэлях. Главный герой Юма Цукумо мечтает стать чемпионом турнира «Дуэль Монстров», однако пока он ещё остаётся новичком без чёткой тактики и уверенной стратегии. Всё меняется, когда он вызывает на поединок местного чемпиона — Рёге Камисиро. Во время поединка рядом с Юмой появляется загадочный призрак без воспоминаний — Астрал. Он сообщает, что память его раздроблена на девяносто девять особых карт, которые зовутся «Номерами». Теперь цель героя — не только подняться к вершинам мира дуэлей, но и помочь таинственному призраку вернуть память. Вместе они отправляются в путь, наполненный яркими дуэлми и знакомства с новыми союзниками и врагами. По мере того как Юма учится применять смекалку и смелость, Астрал постепенно открывает кусочки своей личности, приближая их к разгадке происхождения загадочных Номеров и к разгадке собственной судьбы.
