Зойды представляют собой звероподобные боевые машины, которые применяют в самых разных условиях: от повседневной перевозки грузов до активных боевых действий. Среди них особую категорию составляют миниатюрные Органоиды — живые существа, способные сливаться с обычными зойдами и значительно усиливать их боевые способности. Ван Флайхет обнаруживает одного такого Органоида в заброшенной лаборатории, когда пытается ускользнуть от преследования двух зойдов, ведомых незнакомцами. В этом же месте он находит загадочный сосуд, в котором содержится странная девушка. Убегая от погони, Ван разбивает сосуд, освобождая пленницу, и забирает с собой Органоид. Повреждённый зойд сливается с новым спутником, моментально устраняя сбои и восстанавливая работоспособность машины. Решив сохранить нового друга, Ван даёт Органоиду имя Зеке. Ту пленницу зовут Фиона — Элисий Линетт, и ей предстоит найти зойда по имени Ева. Так начинается совместное путешествие Вана, Фионы и Зеке, полное неожиданных встреч и опасностей.
