Эта часть служит логическим продолжением истории Da Capo II и переносит зрителя в знакомый мир школьной жизни и волшебства. В новом сезоне появляются ещё больше персонажей, которых поклонники уже встречали ранее, а их отношения становятся заметнее. Главная интрига разворачивается вокруг того, что все девушки искренне влюблены в Дзюнъити, и его окружение начинает ощущать нарастающую слабость перед его обаянием. Вскоре Сакура, воплощённая в живую сакуру, просыпает древнее чудо и случайно произносит желание, которое меняет судьбы многих. Жизнь героев переворачивается с ног на голову: школьные будни превращаются в запутанную игру последствий, где каждое решение может привести к непредсказуемым последствиям. Теперь героям предстоит не просто пережить кризис романтики, но и найти способ вернуть прежнюю реальность, прежде чем всё уйдёт в прошлое навсегда.
