Во втором сезоне аниме Fate/Grand Order: Великий приказ главной линией остаётся Рицука Фудзимару — юного искателя справедливости, который всё ещё пытается постичь логику новых приказов, исходящих из загадочного штаба. По мере развития событий он сталкивается с новыми испытаниями, старыми врагами и загадочными союзниками, чьи мотивы скрыты за завесой интриг. В этом сезоне особенно подчёркнуты темы памяти и искупления: каждый приказ вытягивает на свет фрагменты прошлого, принуждая героя переосмысливать принципы долга и своё место в мире. Рицука вынужден искать ответы в условиях нарастающей угрозы для мира, где магия переплетается с суровой реальностью, а история Карла Великого заставляет судьбы людей и духов сплетаться всё теснее. В ходе событий герои сталкиваются с хитросплетениями и тайнами, и только на стыке времени, памяти и решимости становится ясным смысл самого приказа.
