В 2010 году на планете одновременно возникли гигантские гиперураганы, разнесшие разрушения по всем странам. Население Земли, составлявшее около восьми миллиардов, мгновенно потеряло порядка пяти миллиардов жизней. Северная Америка, Россия и северная часть Европы оказались погружены во льды; равнины ушли под воду, а карта мира изменилась до неузнаваемости, погружая человечество в эпоху хаоса. Японское правительство сумело выстроить автономное экономическое государство, частично оправившись от катастрофы. Прорыв в технологии Дополнительной Силы, долгое время находившейся на стадии разработки, стал ключом к экономическому возрождению страны. Однако за пределами Особой Экономической Зоны господствовала нищета. Высшая прослойка, объявившая себя Логосом, использовала ТДС в военных целях, тогда как малоимущие, прозванные «ревенусами», были изгнаны за пределы ОЭЗ. Чтобы сдерживать военную мощь Японии, Европейский союз ЭО и Азиатский союз АО создали Единый союз АЭС; их войска соединились в Кюсю и встретили натиск передового отряда «Фантом». Впоследствии был подписан двусторонний пакт о ненападении между АЭС и Японией, и силы союзов стали использоваться против восстаний внутри страны. Прошло время. Джо Кацураги и Джин Цурасава скрываются от фантомов — созданных, чтобы «приглядывать» за ревенусами и подавлять мятежные элементы Логоса. К ним присоединяется таинственная девочка Сана Нобуто — и почему-то множество людей стремится к ней, каждый по своей причине.
