Действие аниме разворачивается в городе Кивотос, где тысячи учебных заведений держатся на плечах Генерального студенческого совета. Внезапно президент совета исчезает без следа, и город погружается в хаос: порядок рушится, а ученикам становится трудно определить свои обязанности. Совет обращается за помощью к Федеральному бюро расследований S.C.H.A.L.E., основанному тем же пропавшим президентом незадолго до исчезновения. Взять на себя задачу восстановления порядка призвана таинственная фигура — учитель по имени Сэнсэй, недавно прибывший в Кивотос по приглашению президента. Однажды приняв должность главы S.C.H.A.L.E., Сэнсэй получает первое задание — помочь ученикам академии Абидос удержать школу от закрытия и защитить её от надвигающихся угроз. Смогут ли Сэнсэй и ученики вместе преодолеть грядущие испытания, сохранить учебное учреждение и раскрыть скрытые тайны города?
