В недалёком будущем большая часть поверхности Земли оказалась затоплена из‑за катастрофического изменения уровня мирового океана. Нацуки Икаруга — молодой человек, которому приходится сталкиваться с тяжёлым испытанием: несколько лет назад он потерял мать и лишился одной ноги. Единственное, что у него осталось, — старый корабль, батискаф и долги, унаследованные от бабушки, профессора морской геологии Нонко Ятигусы. Чтобы расплатиться, Нацуки решает отправиться на поиски затонувшего здания, в котором когда‑то работала бабушка, ведь по слухам там прятались её драгоценности. Однако вместо сокровищ он находит капсулу, внутри которой дремлет робот-гуманоид по имени Атри. После пробуждения Атри обещает помогать Нацуки хотя бы до тех пор, пока не вспомнит последнее поручение, данное её прошлой хозяйкой.
