Годы прошли после финала The Fruit of Grisaia, и когда-то безмятная Академия Михама превратилась в тренировочную базу SORD — Специальной организации исследований и разработок, предназначенной для подготовки кадров национальной обороны. Рэна Фуками и Маки Инохара освоили умение владения огнестрельным оружием, Тока Шишигая и Гуми стали непревзойденными мастерами снайперской стрельбы, Крис отвечает за взрывчатку и обработку данных, а Мурасаки Икома — искусная ниндзя, ведущая секретные разведывательные операции. Объединившись, они берутся за дела, которые слишком сложны для полиции и обычных сил обороны, снова и снова сталкиваясь с миссиями, доходящими до грани жизни и смерти. Это история этих юных девушек, написанная кровью, порохом и беспримерной волей к выживанию, в которой каждое новое задание проверяет их лояльность, дружбу и способность держать мир в равновесии.
