После третьей мировой войны территория вокруг Токио превратилась в обширную заражённую зону, получившую название Черное Пятно. Её окружили стенами и надолго отгородили от внешнего мира, но на этой выжженной земле спустя годы вновь стали появляться признаки жизни. Среди тех, кого держат внутри пятна, возникают загадочные люди с необычными силами: они умеют управлять огнём, ветром и даже притягивать или отталкивать предметы с помощью гравитации. Обычные люди, испуганные таким могуществом, отвергают их и окрестили Изгоями. Действие разворачивается в 2130 году, примерно через полвека после войны. В центре сюжета — мощная фармацевтическая корпорация Симеон, которая разместила свою штаб-квартиру прямо в Черном Пятне. Внешне она щедра и благотворительна, но на деле Симеон проводит бесчеловечные эксперименты над людьми, выпускает и продаёт богатым лекарства от старения и не гнится перед кровавыми расправами над теми, кто сопротивляется. Чтобы свергнуть власть Симеона и прекратить произвол в пятне, отряд сопротивления из четырёхсот человек планирует убить главу корпорации Адама Арклайта. Однако Изгои из Элитной Четвёрки отражают их атаки и почти полностью истребляют боевой отряд. Единственный выживший — Круз Шильд, которому удаётся чудом спастись и встретиться с двумя могучими Изгоями — Адамом Блейдом и Евой Нойшванштайн — а также с их другом-профессором Гидо. Вместе они решают помочь Крузу свергнуть Симеона и положить конец его тирании.
