Этот проект представляет собой перезапуск культового сериала 1972 года, ознаменовавший новый виток в развитии жанра меха. «Настоящий Мазингер Зет» переносит историю в совершенно новые условия, вводя оригинальных персонажей и собственную сюжетную линию, которая не связана напрямую с оригиналом. В ближайшем будущем человечество открывает энергетическую революцию масштаба, сопоставимого с открытием атомной силы — энергию фотонов. Добыча ресурса осуществляется из руды, найденной у подножия горы Фудзи, и обещает решить большую часть мировых энергетических проблем. Чтобы заполучить новый источник, безумный учёный Доктор Хелл и его спутники — Барон Асюра, граф Брокен и виконт Пигман — формируют армию механических монстров, собранных из останков древней цивилизации Греции, и стремятся разыскать лабораторию, где исследуют феномен фотонной энергии. Их наступление отражает Кодзи Кабуто — неуравновешенный подросток, управляющий гигантом Мазингер Зет, созданным на основе мощности фотона его деда Дзюдзо Кабуто. Но в противостоянии между Хеллом и семьей Кабуто вмешиваются чужие силы: мифическая цивилизация Микен и остров Бардос, вместе с таинственными секретами, оставленными самим Мазингером Зет.
