История разворачивается в далеком будущем, где передовые технологии прочно вошли в повседневную жизнь и нашли применение даже в карточных поединках. Главный герой — Юма Цукумо — мечтает стать чемпионом турнира «Дуэльные монстры», но пока он лишь новичок: ему не хватает опыта, стратегического мышления и уверенности в себе. Всё меняется, когда он вызывает на дуэль местного чемпиона Рёге Камисиро. В этот момент рядом с Юмой появляется загадочный призрак без воспоминаний — Астрал. Он объясняет, что память о прошлом распалась на девяносто девять специальных карт, известных как «Номеры». Теперь цель молодого дуэльера выходит за рамки простого восхождения по рейтингу: ему предстоит помочь загадочному духу вернуть память и узнать причины своего разделения на множество таинственных карт. По мере продвижения Юме предстоит собирать каждую карту, разгадать загадку прошлой эпохи и противостоять противникам, чьи монстры скрывают больше, чем кажется на первый взгляд.
