Долгая и изматывающая война между человечеством и разумной машинной расой, известной как механоидами, подошла к своему концу: власть этих существ расползлась по галактике, Земля едва удерживалась под их давлением, и обе стороны, пусть и против своей воли, вынуждены были согласиться на перемирие. Зеро, адмирал флота обороны планеты в Великой Галактической войне, ныне командует буксирным судном и, даже потеряв за годы битв всю семью, остаётся верным стражем Земли. В одном из заданий корабль Зеро оказывается под натиском загадочного пиратского флота, прозванного «Тенью смерти», и вступает в бой, который оканчивается поражением. Позже командование возлагает на него новую миссию: выйти на след легендарного пирата, капитана Харлока, который, как оказалось, и был тем самым нападавшим. Теперь, действуя под флагом Независимого Флота, вместе со своим прежним боевым линкором «Кария» и командой, в составе людей и механоидов, Зеро должен прочесать всю Вселенную, чтобы выйти на след знаменитого пирата.
