В 2012 году Японию накрывают Му — гуманоидные существа с голубой кровью, прибывшие из иного измерения. Через три года их вторжение перерастает в открытое противостояние: в Токио нападают захватчики, но их наступлению противостоят странные боевые машины под названием «долем», которые отступают перед могуществом человека и техники. В этом вихре событий молодой Аято Камина случайно встречает одноклассницу Рэйку Мисиму. В тот же день над ним нависает угроза со стороны правительственных агентов, однако на помощь приходит Харука Сито, заявляющая, что действует по поручению организации «TERRA» и сообщает: город оказался заперт в временной трещине, где время течёт примерно в три раза медленнее, чем в остальном мире. Аято прячет своё удивление и скрывается, запрыгнув на поезд, где вновь сталкивается с Рэйку. Вскоре они прибывают в Зал Ра и идут за ней к гигантскому яйцу, из которого появился таинственный долем Ра-Зефон (RahXephon). Неожиданно над сценой поднимается мать Аято на вершине долема, пытаясь остановить вторжение «TERRA». В ходе боя она получает рану; увидев её голубую кровь, Аято вместе с Харукой спешно уходят прочь.
