Во втором сезоне аниме «Второй Мэйджор» рассказывается история школьной бейсбольной команды, которая неожиданно лишилась тренера и большей части игроков. Однако унынию здесь места нет: Дайго Шигэно берет на себя роль капитана и обязан поддерживать боевой дух коллектива, чтобы пережить непростые времена. По мере наступления второго курса в команду приходят новичи, и теперь ребятам открывается шанс принять участие в соревнованиях. Но всё не так просто: из прежних участников в составе остаются только девушки, а новым игрокам предстоит найти общий язык и стать одной сплочённой командой. Насколько далеко сможет зайти команда, в составе которой царит женская энергия, и сможет ли Дайго выполнить данное другу обещание и встретиться с ним на турнире? Этот сезон превращается в серию испытаний характера, настойчивости и взаимной поддержки команды.
