Во втором тысячелетии человечество сталкивается с внезапной угрозой: космические ящеры с Юпитера вторгаются в поселения и срывают привычный уклад. Спустя год Акито, чудом уцелевший во время нападения на марсианскую колонию и неожиданно оказавшийся на Земле без ясного понимания того, как он здесь оказался, зарабатывает на жизнь поваром и пытается понять, что же произошло. Всё меняется после случайной встречи с Юрикой — детской подругой, которую судьба возвела в капитаны новейшего корабля Nadésiko, построенного частной компанией Нергал ради поиска выхода из сложившегося кризиса. Следуя за ней, Акито надеется найти ответы и в итоге становится частью экипажа, у которого каждый член — неординарная личность, не похожая на остальных, как и сама капитанша. Преодолевая препятствия и сталкиваясь с сечениями судьбы, Nadésiko стартует на долгий путь к Марсу, где возможно откроется таинственная причина смерти родителей героя, и распутывается клубок вопросов, тянущийся за каждым его шагом.
