Это прямое продолжение легендарной истории из фильма «Аркадия моей юности». Война против Империи Иллюмидус, разрушительной силы, которая поработила и сотрясает целые миры, доведена до кульминации: Земля оказалась полностью под контролем вторжения. Харлок и его союзники объявлены врагами человечества и изгнаны со своей родной планеты. Однако Иллюмидус не остановился на достигнутом. Капитан Харлок, Тотиро и Эмеральда — известные под кодовыми номерами S-00999, S-00998 и X-00001 — объявлены в розыск. Пытаясь противостоять не только Иллюмидусу, но и множеству людей, готовых нажиться на наградах за головы искателей справедливости, единственные защитники Земли продолжают путь. Они несут надежду планете и продолжают сопротивление в бескрайнем космосе, готовясь к новым испытаниям и приняв на себя роль последнего бастиона против растущей угрозы.
