После окончания школьного турнира по Vanguard у Кодзи Ибуки начинаются тревожные сны, которые не дают ему покоя. Номэ Татсунаги просит Суйко пригласить Кодзи в особняк, и там выясняется, что молодой человек способен видеть Тайную башню под именем Санктуарий. Этот загадочный объект искажает ход временной линии на протяжении всей истории, и единственный путь вернуть всё на свои места — сперва Кодзи должен исправить ту ошибку, которую, как ему кажется, совершит в будущем. Так начинается путешествие по параллельному миру «-if-», в ходе которого Кодзи и Суйко наблюдают, как волшебницы Эми Сэндо и Сюка призывают бойцов Vanguard на помощь, чтобы скорректировать развитие сюжета. Однако сами герои порой оказываются бессильны — карточные поединки против реальных монстров не приносят должного эффекта, и приходится искать иной путь, чтобы вернуть ход истории в норму.
