Зловещий Мегатрон приводит свою армию Десилицинов на Землю, чтобы ограбить планету и похитить её колоссальные энергетические ресурсы, которые питают войну против автоботов. Успех этой операции мог бы перевести ход конфликта в пользу десилицинов, уничтожив автоботов и позволив им начать завоевание Вселенной. Ради такой цели они похищают учёного — доктора Юки Ониши, ведущего специалиста Земли в области энергетики и природных ресурсов. На помощь Ониши приходит его сын Кодзи, и именно Оптимус Прайм берет мальчика под свою защиту, отправляясь в миссию по спасению отца. Хотя Прайм и его союзники автоботы действуют смело, им не удаётся вырвать учёного из цепких лап Десилицинов. Теперь именно автоботам и Кодзи предстоит найти путь к возвращению Ониши, защитить Землю и её ресурсы от коварной армии Мегатрона и предотвратить их попытку вторжения.
