После завершения турнира Священного Пути история переносит главного героя в новый период. Тэнма Мацукадзе возвращается в Раймонскую среднюю школу, но это уже не прежняя гимназия: ныне в её стенах никто из команды не играет в футбол. Наблюдая за переменами, Тэнма сталкивается с Альфой, капитаном «Протокола Омега», и осознаёт, что попал в параллельную реальность, где Альфа вовлечён в секретный проект, нацеленый на исчезновение футбола в будущем. Чтобы помочь своему другу в странствиях, старый фургон команды из прошлой части подвергается радикальной модернизации и превращается в летающую машину времени, открывающую путь сквозь эпохи. Вместе они сталкиваются с новыми испытаниями: миры сталкиваются, правила игры меняются, а дружба и целеустремлённость заставляют героев искать путь домой, не забывая о стремлении снова вернуть на поле привычный футбол.
