Главный герой этой истории — учащийся старшей школы Рэн Амами (雨宮 蓮). Он становится свидетелем сцены домогательства: мужчина, вопреки протестам молодой девушки, грубо прижимает её к стене. Рэн не медлит и вступает в конфликт, одерживая победу, но зло оказывается еще опаснее — нападающий оказывается влиятельным политиком. Из-за этого происшествия и того, что спасённая девушка отказалась давать показания, старшеклассника предъявляют обвинение в хулиганстве и отправляют на год испытательного срока. По решению суда ему приходится переехать в столицу и начать новую учебу в чужой школе. В Токио Рэн обосновывается на чердаке кафе LeBlanc, где его временно размещает давний друг его родителей. Уже в первый день в новом городе он замечает на телефоне загадочное приложение. По дороге в новую школу он знакомится с одноклассником Рюдзи Сакамото, и в странных обстоятельствах оба попадают в загадочный альтернативный мир — Чертог, который пытается разрушить стремительный убийца, похожий на местного тренера по физкультуре. В этой схватке Рэн впервые пробуждает внутри себя таинственную силу — Персону. Сбежав из Чертога и вернувшись в реальный Токио, друзья решают разобраться в происходящем и найти способ наказать виновника за его преступления и лицемерие.
