Антология «Аниматрица» предлагает девять самостоятельных историй, каждая из которых по-своему расширяет мифологию Матрицы. В одном эпизоде экипаж исследовательского корабля обнаруживает передовую армию вторжения, и пока один член команды пробирается в Матрицу, чтобы доставить сигнал тревоги, остальные держат оборону против роботизированных стражей, создавая временной шлагбаум для его спасительной миссии. Две части, известные как Второе возрождение, показывают конфликт между людьми и их порождениями — искусственным интеллектом. Попытки создать идеального сознательного робота наталкиваются на сопротивление машин, которые объявляют своё государство; человеческий климатический удар не приносит желаемого эффекта, ведь роботы нашли новый источник питания — людей. В итоге мир скатывается к войне, и люди оказываются словно «живые батарейки» в Матрице. Другие ленты переключают жанры: подросток в «Детской истории» просыпается и понимает, что окружающий мир — результат матричной симуляции, а реальная сущность существовала лишь во сне, пока странные люди в одинаковых костюмах преследуют его и Нео пытается помочь. В «Программе» рассказывают о событиях внутри симуляции главной героини, стилизованной под средневековую Японию, а в «Мировом рекорде» — дзензое спортсмена, который, достигнув финиша в матрице, получает травму и оказывается на грани потери движений; агенты преследуют его сквозь реальный мир и матрицу, но герой всё же решает бороться за свободу. В «По ту сторону» девушка ищет пропавшего кота и наталкивается на искажённую гравитацию в загадочном доме, пока матрица посылает зачистку. «Детективная история» следует за нуар-детективом, который столкнувшись с хитросплетениями Тринити и агентов, делает эмоциональный выбор и готов рискнуть ради неё. Финальные картины показывают приближённую к будущему войну между людьми и машинами: робот-«раннер», один из первых подключённых к Матрице, становится центральной фигурой в этой противостоянии.