После финала второго фильма мир Синдзи Икари переворачивается: он просыпается спустя четырнадцать лет и едва узнаёт себя, окружающее его море изменений кажется чужим и неясным. Постепенная распутывается тревожная истина, которая рушит его прежние представления и устои. Гармония прошлого исчезает, уступая место мучительному пониманию того, чем всё это оборачивается. Чтобы спасти человечество, Синдзи вновь выходит на арену против Ангелов, но в этот раз к нему присоединяются неожиданные союзники со своими собственными мотивами. Старые друзья оказываются на стороне сомнений и сопротивления, что ещё сильнее усложняет его выбор. Судьба снова отправляет его к самой передовой линии войны, где каждое принятое решение отзывается по всей цивилизации. Вопрос остаётся неразрешённым: какой путь он готов выбрать — жертву ради общего блага или риск ради спасения всего мира?
