Действие разворачивается в 2117 году, примерно через полгода после событий фильма Psycho-Pass: Фильм. В центре сюжета — Бюро общественной безопасности, расследующее странные инциденты, связанные с загадочным учреждением под названием «Обитель», предназначенным для содержания потенциальных нарушителей. Применяя новейшую комбинацию психоактивных препаратов и инновационных методик терапии, внутри «Обители» удалось сформировать совершенно новый тип общества: здесь предполагаемые преступники живут в гармонии, выполняют полезную для сообщества обязанности и поддерживают свой показатель преступности на приемлемом уровне. Но всё меняется, когда в здание бюро врезается автомобиль, управляемый травмированной женщиной — психологом-консультантом, работающей в «Обители», чье психическое состояние подорвано неизвестными веществами. Это событие заставляет увидеть, что созданное учреждением общество не столь идеально, как казалось на первый взгляд, и за его внешней стабильностью скрываются глубокие проблемы.
