Спустя двадцать тысяч лет после возвращения на Землю Харуо Сакаки и выжившие люди сталкиваются с кардинально изменившейся планетой. Непривычной флоре и фауне здесь кажется, будто сами они олицетворяют Годзиллу, а планета в целом стала гигантским монстром, которым управляет громадный Годзилла высотой примерно триста метров. Человечество балансирует на грани вымирания и ведёт безнадёжную борьбу за выживание. Чтобы победить Годзиллу и вернуть Землю под контроль людей, Харуо встречает потомков коренного народа Хутуа. Близнецовые сестры Маина и Миана ведут его к остаткам Меха-Годзиллы — древнего оружия против титанов, созданного из самогенерирующего наноматериала. Теперь Харуо должен открыть целый Город Меха-Годзиллы, рожденный наноматериалом за долгие годы, способный уничтожить монстра и закрепить право человечества жить на своей планете.
