В начале нового тысячелетия Земля стоит на пороге неминуемой катастрофы. Каждые сто лет планета Ла-Метал, гигантская цивилизация с уникальными знаниями, выходит на близкую орбиту и вызывает цепь разрушительных катаклизмов и стихий. В этот раз угроза достигает предела: к 1999 году пролет Ла-Метал так близко подойдёт к Земле, что вероятность столкновения становится реальной. К тому же обитатели Ла-Мета́ла давно планируют захват нашей планеты и превращение её в часть собственной империи. Профессор Амамори, работающий в местной астрономической обсерватории, получает тревожное предостережение и делится им со своей помощницей Яёй Юкино. Однако Яёй носит в себе ещё более загадочную правду: она — Королева Тысячелетия по имени Ла Андромеда Прометия II, отправленная на Землю с далёкой планеты, чтобы наблюдать и тайно править человечеством ровно тысячу лет до прихода своей наследницы. Но Яёй, увидев тьму замысла чужой цивилизации, встает на сторону землян и всеми силами пытается остановить надвигающуюся катастрофу, стремясь изменить ход истории и защитить мир от неминуемой гибели.
