Тридцать лет прошло с той войны между земными силами и зентреди, и судьбы обеих рас оказались навсегда переплетены. На планете Эдем начинается секретный проект под кодовым названием «Супернова» — задача создать новое поколение многоцелевого истребителя, способного радикально изменить правила боя. В состязании участвуют две машины — YF-19 и YF-21. Одним из пилотов YF-21 становится Гульд Боуман, человек, чьё происхождение частично зентреди. Вторым пилотом-испытателем выступает Исаму Дайсон — молодой пилот со вспыльчивым характером, отправленный на базу как дерзкий новичок. Раньше эти двое были неразлучны вместе со своей подругой Мьюнг, ныне работающей продюсером виртуального идола Шерон Эппл. Их новая встреча разжигает старые обиды и напряжение, а никто из них не подозревает, что проект «Супернова» и загадочная Шерон Эппл могут быть тесно перегруппированы между собой.
