Смотреть Аниме «Крейсер Надэсико: Принц тьмы»

События разворачиваются три года после завершения войны между землянами и юпитерианцами. Акито и Юрика считаются погибшими после крушения шаттла, которое произошло год назад, в разгар мирного времени. Молода́я Рури Хосино продолжает службу, но теперь она командует крейсером Надэсико. Благодаря успешному прогрессу в изучении бозонных прыжков начинается реализация грандиозного «Плана Хисаго» — задуманной сети порталов, чьё попадание в чужие руки может обернуться бедой для всего человечества. Именно это и случается: сеть неожиданно оказывается захвачена террористами «Наследники Марса» во главе с бывшим юпитерианским офицером, чьи взгляды отражают недовольство результатами войны и стремление изменить исход конфликта любыми средствами. Чтобы выяснить масштаб заговора, вновь собранная команда Надэсико отправляется в самую гущу событий, и на их пути появляется неожиданный союзник, готовый протянуть руку помощи в трудном расследовании.