Конец столетий приносит с собой неминуемую угрозу для Земли: каждые тысячи лет гигантская планета Ла-Метал, населённая продвинутой цивилизацией, проходит по близкой орбите к нашей планете и вызывает серию разрушительных катастроф и стихий. В 1999 году сближение достигнет такой степени, что риск столкновения станет реальным. Кроме того, жители Ла-Мета замышляют захват Земли. Профессор Амамори из местной обсерватории обнаруживает надвигающийся кризис и делится тревогой со своей помощницей Юкино Яой, которая на самом деле является таинственной Королевой Тысячелетия — Ла Андромеда Прометия II, посланной на Землю с планеты Ла-Метал, чтобы наблюдать и тайно править человечеством ровно тысячу лет, до прихода своей наследницы. Однако Яой становится на сторону землян и всеми силами пытается предотвратить неминуемую катастрофу.
