К концу годичной войны силы Зеона терпят поражение на Земле, их наступления сворачиваются, и они отступают в пустоты космоса. Пилот Амуро Рей всё глубже изучает загадочные Ньютайп-способности и ищет способы применить их на практике, чтобы повлиять на ход конфликта. Ему вновь предстоит столкнуться с заклятым врагом — Чар Азнаблем, который тоже принадлежит к миру Ньютайпов и не упускает шанса нанести удар по Федерациям. Грядёт судьбоносная битва, и близкие люди оказываются в зоне риска. Смогут ли Вооружённые силы Земли одержать победу над Герцогством Зеон, или зло окажется сильнее? И сможет ли Амуро доказать, что его Ньютайп-потенциал выше всяких ожиданий и что он действительно лучший среди них?
