Несмотря на введённый закон «Билл», устанавливающий комендантский час для несовершеннолетних и ограничение доступа в интернет, молодёжь продолжает бороться за свободу, применяя разные способы сопротивления. В Токио действует подпольная коалиция борцов за независимость, называющая себя SIRRUT. Группа решает взять под контроль влиятельного политика Фумито Нанахару, который тайно управляет городом и политической жизнью за кулисами. Они используют сеть как оружие и собирают всё больше сведений о Фумито и загадочной организации под названием «Башня», проводящей над людьми опасные эксперименты. Когда объявляется засада в метро с целью разоблачить Башню, на пассажиров нападают таинственные существа. В разгар хаоса на сцену выходит молодая Сая — мастерски владеющая катаной и уничтожающая монстров. Это та самая Сая Кисараги, которая пережила тяжёлые утраты после ужасных событий в провинции Укасима. Какие именно опыты проводит Фумито и какая роль у Башни, и удастся ли Сая отомстить своему врагу — это и станет предметом приближающейся развязки. Финальная битва начинается.






