Сюжет аниме-OVA разворачивается по двум параллельным временным нитям. В одной линии повествование концентрируется на инциденте в Нибельхайме, где сталкиваются судьбы Зака Фэйра, Клауда Страйфа и Тифы Локхарт под мглой Сефироты; эта часть наполнена напряжением, неожиданными откровениями и тягой к правде, которая раскрывает мотивы персонажей и предопределяет их дальнейшую судьбу. Вторая нить следует спустя события первой и рассказывает о побеге Зака и Клауда из-под опеки научной лаборатории мегакорпорации Shinra Inc., их пути к свободе и испытаниях доверия, которые укрепляют их союз. Обе линии переплетаются, формируя единое повествование, в котором технологические секреты и корпоративные интриги служат фоном для личных драм: дружбы, памяти и цены выбора, которая влияет на характер героев и направляет их будущие поступки.
