Год 2201 ознаменовал завершение борьбы с императором Зордаром и Империей Кометы. Ямато возвращается на Землю для ремонта и пополнения запасов. Командир Кодай и его команда обязаны отдать дань павшим товарищам и подобрать новую смену на борт. Молодым членам экипажа предстоит пройти суровую школу: их учат дисциплине, они осваивают боевые приемы и учатся работать в узком коллективе, прежде чем смогут выйти в реальные схватки. Но передышка не длятся долго: корабль вновь отправляется в путь, готовясь к новым испытаниям. Вернувшись к своей родной планете Гамилус после боёв, Деслер обнаруживает, что планета занята захватчиками. Империя Тёмной Туманности стремится присоединить Гамилус и Искандар к своим владениям, добывая ценность минералов из их недр. Кодай и Деслер, некогда заклятые враги Ямато, вынуждены забыть старые обиды и объединиться ради общей цели — противостоять надвигающейся угрозе. Их сотрудничество открывает путь к новым тактическим решениям и уверенности в победе над могущественным врагом.
